El residuo que sale de las prensas luego de la extracción se llama “expeller”, este es enfriado a valores adecuados para facilitar la extracción posterior por solvente y evitar la presurización del extractor con posibles escapes de solvente. Una vez en la planta de extracción por solvente y luego de la extracción, se obtiene una harina con baja materia grasa residual.
El aceite obtenido del prensado se junta con el extraído por solvente para conformar el aceite crudo.
Luego el aceite crudo es centrifugado para separar fosfolípidos y sedimentos y obtener así el denominado aceite desgomado. 
El tratamiento del aceite de algodón para obtener el denominado semirrefinado consiste en la neutralización de los ácidos grasos libres por tratamiento con soda cáustica y luego la decoloración del aceite neutralizado con arcillas ácido-activadas.
La neutralización puede hacerse mediante el proceso convencional en fase aceite, pero es más conveniente hacerlo en fase miscela. Este último procedimiento es el más adecuado para este tipo de aceite, ya que es común en nuestro país obtener crudos de hasta 25 % de acidez, lo que hace que las mermas por neutralización sean muy importantes.
Trabajando en fase miscela las mermas descienden, el tratamiento del aceite no es tan enérgico, se obtiene más fácilmente una reducción del color y el aceite es de mejor calidad. 
Por último la harina desgrasada remanente luego de la extracción se desolventiza antes de ingresar al sector de granulados.
La forma final del producto sólido obtenido puede ser como harina con una determinada granulometría lo que se logra mediante molino a martillos o como granulados compactados previo paso por una granuladora en la cual la matriz define el diámetro del granulo, el cual disminuye el volumen específico del producto. 
Aquí también los granulados/harinas se secan y enfrian en un secador-enfriador horizontal con tapiz autolimpiante, antes de su almacenamiento en celdas hasta el momento de su despacho