La primera etapa del proceso la conforman el desgomado y la neutralización de ácidos grasos libres. Se comienza con el agregado de ácido fosfórico para insolubilizar los fosfolípidos y otras materias coloidales comúnmente llamadas “gomas”.En la neutralización, el aceite es tratado con una solución alcalina. Los ácidos grasos libres, responsables de la acidez y la oxidación de los aceites y se eliminan en la fase acuosa como jabones resultantes de la saponificación, en centrífugas de tambor vertical. Las impurezas separadas se conocen como borras de neutralización. Estas borras de neutralización son posteriormente desdobladas y utilizadas como combustible líquido en la caldera, ya que su poder calorífico es del orden del fuel oil. 
Un proceso posterior de lavado elimina los jabones residuales de neutralización para obtener un aceite neutro.
En otra etapa de la refinación, exclusiva del aceite de girasol por su alto contenido de ceras, el aceite pasa por un proceso de descerado o “winterizado” en el que el aceite crudo es enfriado y mantenido a baja temperatura. De esta forma se favorece la formación y posterior separación de los cristales de cera. Con ello se evita la turbidez del aceite cuando se lo almacena a bajas temperaturas. 
En la etapa de decoloración o blanqueado, los aceites neutros son tratados con arcillas decolorantes donde se eliminan la clorofila y los pigmentos carotenoídes hasta ajustar los colores a las especificaciones de calidad de cada aceite.
El proceso de refinación culmina con el desodorizado. Sustancias como aldehídos y cetonas que frecuentemente causan olores y sabores desagradables, son eliminados al tratar el aceite a temperaturas adecuadas para lograr la volatilización de las sustancias indeseables, el objetivo se logra en columna de alto vacío y con un ligero arrastre con vapor de agua. Deben evitarse tratamientos prolongados a altas temperaturas ya que hay peligro de originar una polimerización e isomerización del producto.
En el caso del algodón, como por su proceso específico ya ingresa como aceite neutro en esta estapa solamente se le practica el blanqueo y desodorizado.